工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一

黑暗梦魇，有增无减。务必认清，敌人的真面目……

出色的间谍“黄昏”化身为心理医生劳埃德·福杰，与拥有“读心术”的超能力女孩阿尼亚、杀手约尔组成各怀秘密但意外温馨的“伪装家庭”，在共同经历笑料百出的家庭闹剧后，将踏上第一次“家庭旅行”。然而，在愉快的旅途中，阿尼亚却发现了一个可能会撼动世界和平的“秘密”，令人措手不及的大危机事件来袭！世界的命运，又一次掌握在了这意外不断的临时一家人手中！